에이즈 바이러스는 감염된 사람의 몸인 숙주세포(대개 CD4 세포) 속에 잠재하여 숙주가 건강한 동안에는 활동하지 않는다고 믿어왔다. 이것을 임상학적인 잠복기라 한다. 그러나 1993년에 몇몇 연구에 의해 에이즈바이러스는 이 기간에도 우리가 생각했던 것보다 훨씬 높은 수준으로 혈액, 임파조직, 임파절 속에서 자기 복제를 지속하는 활동을 한다는 사실이 밝혀졌다.

에이즈 감염 초기인 첫 2주 동안에 숙주인 사람의 혈액 속에 수많은 바이러스가 증식하고 이에 반응하여 면역반응, 즉 항체가 나타난다. 이때를 급성원발성감염증 시기라고 하며 바이러스의 수가 매우 높은 시기이지만, 6～9개월 후에는 바이러스의 수가 안정되어 일정한 수준을 유지하게 되는데 대개 1,000～100,000 copies/mL 정도이다.

바이러스의 평균수치가 높은 감염인은 그 수치가 낮은 감염인에 비하여 CD4 세포수가 빨리 감소하고 에이즈로의 진행이 빠르며 사망에 이르는 기간도 짧게 되는 특성을 가진다.