일반적으로 HIV에 감염된 후 급성 HIV증후군이 나타날 수 있다. 처음 감염되고 2～6 주의 잠복기를 거친 후에 몸살 같은 증세가 나타날 수 있는데 이러한 증상은 HIV 자체에 의한 증상들이며, 감염된 모두에게 증상이 나타나는 것이 아니고 대개 50% 정도에서 나타난다.

증상이 나타나더라도 가벼운 경우부터 심한 경우까지 매우 다양하며 고열, 두통, 인후통, 근육통, 림프절 종대, 구역증, 구토, 설사, 피부발진 등이 나타날 수 있다. 그러나 대부분의 환자들은 이것을 HIV에 의한 증상이라고 인식을 하지 못하고 지낸다. 항체가 생기면서 이러한 증상들은 치료를 하지 않아도 짧게는 1주 이내, 길게는 2개월(평균 1～2주) 이내에 저절로 소실된다.

급성 HIV증후군의 증상이 사라진 후에는 아무 증상도 없는 '무증상기'가 오며, 몇 년간 지속된다. 그러나 증상이 없더라도 HIV감염은 계속 진행되어 세포면역 기능이 서서히 감소하게 된다.

에이즈로 정의되는 질환은 인체 내에 세포성 면역이 감소하게 되면 정상인에게서 잘 나타나지 않는 각종 바이러스, 진균, 기생충, 원충 및 세균 등에 의한 기회감염과 이차적인 암이 나타난다. 대부분의 기회감염은 치료에 잘 반응하지만, 치료를 중단하면 재발하는 등 완치가 어렵다. 결핵, 대상포진 등 몇 가지 기회감염을 제외하고는 타인에게 잘 전파되지 않는다.