이 시기에는 지속적 체중감소(체중의 10% 이상), 설사, 발열 등의 증상이 1달 이상 지속된다. 따라서 이런 징후가 있으면 에이즈발병의 위험성이 높기 때문에 무증상기보다도 자주 병원을 찾아가 진찰할 필요가 있다. 또한 기회감염증을 조기에 발견할 수 있도록 노력해야하며, 흉부 X-선 촬영을 주기적으로 하여야 한다.

기회감염증으로는 초기에 구강 캔디다증이 많이 나타나며 치료를 안 할 경우에는 식도로 확산되어 캔디다 식도염으로 진행될 수 있으며, 식도를 침범하면 치료가 어렵기 때문에 조기에 치료를 시작해야 한다.

음부 헤르페스나 대상포진 등 피부질환에도 주의해야 한다. 이러한 합병증이 있을 때는 에이즈 발병의 시기가 가깝다고 볼 수 있다. 또한 정기적으로 안저(眼底)검사를 하여 거대세포바이러스(CMV) 망막염도 정기적으로 확인하는 것도 중요하다. 중요한 것은 초기 증상들이 발생하더라도 환자 자신은 잘 모르는 경우가 많기 때문에 신체에 조금이라도 이상이 있는 경우에는 병원을 찾아야 한다.