NRTI 계열 약물 중 지도부딘이 포함된 약제를 복용할 경우 구역, 구토, 빈혈 등의 부작용이 흔하다. 아바카비어는 흔하지는 않지만 과민반응을 유발할 수 있다. 테노포비어는 신장 기능 저하, 골다공증 등을 유발할 수 있다.

NNRTI인 에파비렌즈는 몽롱함, 착란, 악몽 등의 중추신경계 부작용이나 피부 발진을 일으킬 수 있다.

PI 계열 약물인 로피나비어/리토나비어, 다루나비어/리토나비어는 설사나 고지혈증을 유발할 수 있다. 아타자나비어는 황달을 유발할 수 있다.

INSTI인 랄테그라비어는 간혹 두통을 유발할 수 있다.

일부 약물 부작용은 저절로 좋아지기도 하고 식이 조절, 약 복용 시간과 식사 시간과의 간격 조절 등으로 호전될 수 있지만, 중요한 것은 부작용이 나타난 경우 담당 주치의에게 이를 알리고 상담하는 것이다. 최근에는 국내에서 많은 새로 유통되기 시작했기 때문에 조절되지 않는 부작용이 있다면, 주치의와 상의하셔서 복용하는 약물 조합을 변경할 수도 있다.