내성이란 약제의 효과가 줄었다거나 없다는 것이다. HIV는 약제 내성 돌연변이를 흔히 일으킬 수 있다. 내성 돌연변이를 막기 위해서 HIV 치료 시에는 한꺼번에 여러 개의 약물을 투여해서 강력하게 바이러스를 억제하는 것이 치료의 원칙이다.

현실적으로는 환자가 약을 잘 복용하지 않거나 처방된 약물 중 일부만 복용하는 것이 내성이 나타나는 가장 흔한 원인이다.

따라서 약을 거르지 않고 잘 복용하는 것이 내성을 막는 방법이다. 만일 부작용 때문에 약을 복용하기 곤란하다면, 임의로 약을 중단하지 말고 반드시 주치의와 상담하시는 것이 좋다.