감염인이 진료기관에서 치료제 투약 등에 따른 진찰료, 검사료 및 HIV 감염과 관련된 질환으로 진료를 받은 경우 총 진료비중 보험급여분의 본인부담분에 대하여 영수증원본 AC 온라인 계좌번호를 첨부하여 보건소를 경유하여 신청하면 시․도 및 관할보건소에서 지급해 준다.

감염인이 진료비를 먼저 지불하는 것이 어려운 경우 보건소는 병원에 후납을 적극 요청하여 각 시․도 및 시․군․구 보건소는 후불협조가 된 감염인 및 의료기관의 경우 해당 감염인의 진료비 청구계좌에 해당 의료기관의 계좌를 기입하여 직접의료기관에 지급한다.

또한 감염자로 확인되기 이전부터 입원진료를 받은 경우에는 국립보건연구원에서 HIV 감염이 최종 확인되어 통보된(발견일) 날짜부터 진료비를 지급한다. 단 입원 중에 HIV 감염 확진을 받았고 진단명이 에이즈관련 질환임이 확인 되었으며 아직 퇴원 전이라면 동 입원에 대해서는 확진일 이전에 발생한 입원진료비에 대해서도 소급하여 진료비를 지원받을 수 있다.

진료비를 보건소에 신청한 후 완납을 받기까지는 보통 1～3개월 정도가 걸린다고 하지만 보건소마다 차이가 있다.