HIV 감염은 1차 선별검사(엘리자 등)와 2차 확인검사(웨스턴블롯)를 통하여 확진되며, 1차 검사기관으로는 보건소, 병․의원, 임상센터, 혈액원 및 검진상담소 등이 있다.

1차 선별검사 결과를 판정할 때 감염 초기의 항체미형성기(일반적으로 노출 후 12주 정도)를 고려해야 하며, 1차 검사에서 양성판정이 나왔다면 검체를 각 시․도 보건환경연구원 등 확인검사기관(보건복지부령 제327호에 고시된 질병관리청, 각 시․도 보건환경연구원 및 보건복지부장관이 정하여 고시하는 기관)에 의뢰하여 2차 확인검사를 진행하게 된다. 2차 확인검사에서 음성으로 판정된 경우 12주 이후에 다시 검사하여 그 결과가 음성일 경우 검사를 종료하는 것을 권장한다.

2차 확인검사가 양성인 경우 각 시․도 보건환경연구원에서 2차 확인검사 결과를 1차 선별검사 의뢰기관에 통보하고 HIV 항체양성자는 질병관리청 에이즈․종양바이러스과에 보고한다. 질병관리본부 에이즈․종양바이러스과는 HIV 항체양성자에 대한 본인확인검사와 면역검사를 동시에 실시하고 그 결과를 에이즈결핵관리과와 보건소에 통보한다. 따라서 이러한 과정을 모두 거치는데 보통 1개월 정도가 소요된다고 볼 수 있다. 그러나 특별한 경우에는 이보다 빨리 검사가 이루어지는 경우도 있다.